國內本土疫情持續升溫，行政院南部聯合服務中心執行長陳政聞考量大樓同仁及合署辦公單位洽公民眾眾多，17日上午與二位副執行長及相關同仁共同召開疫情因應會議，將原訂5月28日前所有活動暫停或延期，並擬訂如因疫情變化須異地辦公人力配置及人員代理流程。
配合疫情升溫，對於進入中心洽公民眾，經量測體溫有超過37.5度者，將商請民眾先行回家休息，中心一樓大門入口處原採紙本實聯制部分，將以一桌一人分流填寫，及增加使用QRcode掃描線上填寫方式。
對於中心同仁如收到居家隔離通知或是確診通知，將依照16日由中央流行疫情指揮中心公布確診者及接觸者居家隔離原則，進行演練。
本中心已於5月15日進行大樓全面消毒，即日起於大樓電梯內按鈕、等候區域按鈕、扶手等進行每二小時一次擦拭消毒，一樓大廳沙發及公共區域漂白水消毒清潔為早晚各一次，未來因應疫情擴大情形，將隨時移請清潔公司進行大樓清潔消毒作業，藉此降低感染風險，防止疫情傳播。