近來隨著武漢肺炎疫情於全球擴散，行政院南部聯合服務中心執行長陳政聞考量大樓平日洽公民眾眾多，加上中心有外交部、移民署、海基會等合署辦公單位，為更確保同仁及出入民眾的健康與安全，4日邀集各合署辦公單位召開加強防疫措施會議。相關之防疫措施，除原先宣導民眾重視戴口罩及勤洗手等重要防疫措施公告外，並從即日起於1樓門口配置兩名人力，協助洽公民眾量測額溫及噴灑酒精，全力做好相對應的防疫措施。
配合政府因應武漢肺炎疫情，對於進入中心洽公民眾，經量測體溫如有超過38度或有呼吸道症狀，且近日有赴大陸返台者，將通報高雄市防疫中心，並禁止進入本大樓洽辦任何業務；另外如有超過38度但近日無赴大陸旅遊史，將商請民眾先行回家休息，如執意洽公者將要求戴上口罩並由洽辦業務單位人員全程陪同。
目前中心已加強中心大樓電梯、等候區域及按鈕、門把等消毒頻率，為每二個小時一次，公共區域漂白水消毒清潔為早晚各一次，未來若有疫情擴大情形，將增派1位人員協助大樓加強清潔消毒。