馬太鞍溪堰塞湖災害導致花蓮縣光復鄉、壽豐鄉、萬榮鄉及鳳林鎮等地區農田嚴重埋沒受損，農業部表示，針對高達600公頃、600萬立方公尺的農田泥沙量，將透過跨部會合作，以專案方式共同處理。農業部也將同時啟動埋沒農地的復原重建補助、專案休耕補貼、低利貸款協助等措施，協助農地遭到埋沒的農民度過難關，早日恢復生產。
農業部表示，為使遭土石埋沒的農田早日復原，該部農田水利署針對緊急區位已有規劃，將優先處理，將在兩天內請專業廠商施作；至於較大面積的埋沒農田復原工作，將配合中央前進協調所調度，透過跨部會合作，共同進行專案處理。另有63公頃農田雖未遭埋沒，但農水路受到災情影響嚴重阻塞，農田水利署也已經在災後第一時間緊急加派人力清淤，目前工程持續進行中，以利未受埋沒的農田有水可用。
農業部也專案辦理埋沒農地的復原重建補助，同時給予休耕補貼，協助無法立即回復耕作的農民度過難關。專案補助地區為光復鄉、壽豐鄉、萬榮鄉及鳳林鎮等遭到馬太鞍溪堰塞湖溢流土石淹沒而受損的農業用地，凡符合資格的農業用地所有權人，每公頃將補助10萬元，以支持農友投入農地復原與重建，專案補助受理期間自114年10月7日起至10月31日止，後續也將視實際狀況滾動調整。
此外，由於農地遭土石淹沒，農民在短期內無法復耕，沒有收入來源，農業部也將提供「專案休耕補貼」，不受不得連休的限制，每期作每公頃補貼4.4萬元，全年最多核給2個期作，合計每公頃8.8萬元。農友可循往年申報綠色環境給付的方式，於115年1 月2日至2月6日向當地鄉、鎮公所（小地主大專業農政策輔導的大專業農請至農會）提出申請。
在低利貸款協助部分，除了原來農業天然災害低利貸款免息1年協助措施外，另經行政院公告為災區，自災害發生日起算1年內，該區之受災農漁業者可檢具受災證明文件，向原貸款經辦機構申請，既有專案農貸亦得免息1年。嗣後並將視農田清淤進度，主動公告延長免息期間，至農田恢復耕作。
農業部將於10月7日起配合中央前進指揮所，派員加入在花蓮光復鄉設立的「一站式服務窗口」，提供受災農民面對面的諮詢服務。同時也已設置諮詢專線449-9595（手機加02)及官網專區，有需要的農民可以多加利用。
農業部表示，政府將作為農民最堅實的後盾，盡全力投入救災重建復原工作，也將讓政府的協助資源及時到位，共同攜手，讓受損的農地早日恢復蓬勃生機。