財政部臺北國稅局表示，受雇於醫療機構的醫師所領取的勞務報酬屬於薪資所得，非執行業務所得，醫療機構在申報扣繳憑單時應依正確所得類別申報，受雇醫師在申報綜合所得稅時，亦應依薪資所得類別申報，不得再減除執行業務所得之必要費用。
該局說明，醫師領取醫療機構給付之勞務報酬，依醫師與醫療機構之間關係的不同，有薪資所得及執行業務所得2種，如醫療機構與醫師間不具駐診拆帳或合夥法律關係，應認屬僱傭關係，是以公私立醫療機構、醫療法人及法人附設醫療機構所聘僱並辦理執業登記的醫師，從事醫療及相關行政業務的勞務報酬為薪資所得，另醫師2人以上共同出資，以聯合執業模式經營診所，共同負擔成本及必要費用，且診所申請設立登記的負責醫師與其他執業醫師間不具僱傭關係者，其執業醫師依聯合執業合約所分配的盈餘得適用執行業務所得規定課稅。
該局舉例說明，甲為A診所設立登記負責醫師，聘僱乙為A診所執業醫師，甲、乙2人明知乙未負擔A診所盈虧風險（執行業務的成本及必要費用），卻合意偽造合夥契約書，將乙記載為合夥執業醫師，並將給付與乙的薪資所得於辦理扣繳憑單申報時故意開立為執行業務所得，乙亦明知A診所開立的扣繳憑單所得類別有誤，仍故意以執行業務所得類別申報綜合所得稅，經該局查獲，以正確的所得類別核課稅捐並依規定裁處罰鍰。
該局提醒，醫療機構及執業醫師應注意醫師的執業身分，於申報扣繳憑單及辦理綜合所得稅結算申報時皆應依正確的所得類別申報，以免因漏報所得額而遭受處罰。