因應疫情蔓延校園，教育部3月31日發布「大專校院停課復課及授課因應防疫調整演練注意事項」，針對100人以上的大班授課，或難以保持室內1.5公尺、室外1公尺適當社交距離之課程，應立即改善環境或調整授課方式，採取師生全面戴口罩、分班上課或遠距教學等防疫作為。
對於防疫授課的演練，教育部建議，應優先從小規模開始，分批次、間隔或輪流等方式，若要進行全校或全院、全系所等授課防疫演練，至多1週為原則，超過3天者須提報規劃，更要求各校停課前聽從指揮中心指示，勿自行判斷疫情。
教育部相關紓困防疫措施，民眾可上教育部網站查詢https://cpd.moe.gov.tw/index.php?guid=BD28807E-9D44-A1D4-D795-3408DA587793
為減輕因疫情造成大專院校辦學衝擊，教育部盤點年度計畫，3月25日公佈除以紓困特別預算支應1億元防疫經費外，另籌措經費3億元，共計4億元，用以補助大專校院教學訓輔及防疫應變補助經費。各大專校院可於4月15日前依需求提出申請，經審查通過後預計5月核定及撥款。
另外，教育部提供個人或家庭經濟受武漢肺炎影響導致還款困難者，可向承貸銀行申請緩繳本金，1次1年最多3年(次)，如仍有還款困難，可向承貸銀行專案申請緩繳期限延長。
行政院南部聯合服務中心提供便民服務，各部會相關防疫紓困措施，可連結行政院官網「嚴重特殊傳染性肺炎專區」https://www.ey.gov.tw/Page/516419A0D357947E