澎湖馬公增建4,000噸海淡廠，即馬公第二海淡廠第一期工程，日前因地質鑽孔作業問題導致工程延宕，目前由台水公司積極趕辦。為掌握工程進度，行政院南部聯合服務中心執行長陳政聞26日代表行政院前往馬公視察，了解目前狀況，並聽取經濟部台水公司南區工程處副處長鄭志強的簡報，期望工程能在明年如期如質完工。
目前在馬公市烏崁里興建中的4000噸海淡廠，根據台水進度簡報說明，已將之前施工遭遇土質鑽孔困難問題，改以鹵水排放管施工經驗調整海水取水管施工方式，並增加每日施工工時鑽趕工進，預計將在明(109)年3月完工，如工程順利，不排除能提前完工。
除馬公增建4,000噸海淡廠外，還有第二期工程的澎湖馬公6,000噸海水淡化廠，預定斥資經費5億元興建，未來順利招標驗收完成之後，將成為澎湖第二大的海水淡化廠，最高可提供10000噸水量，將大大改善澎湖供水問題。
另外澎湖七美900噸海淡廠，及吉貝600噸海淡廠，台水已分別將兩案委外規劃設計，預計最晚能在113年完工。